Biblioteka Jagiellońska wspólnie z Biblioteką Medyczną CM, bibliotekami wydziałowymi i instytutowymi tworzy system biblioteczno-informacyjny Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Dzięki bogatemu zasobowi druków polskich uznawana jest za bibliotekę narodową. Obecnie pieczołowicie kompletuje i archiwizuje wszystkie druki polskie wydane w kraju i za granicą.
Biblioteka gromadzi również zagraniczną literaturę naukową z zakresu dziedzin będących przedmiotem badań i nauczania na Uniwersytecie. Szczególnie dba o pozyskiwanie literatury naukowej dotyczącej takich dziedzin, jak kulturoznawstwo, językoznawstwo, literaturoznawstwo, sztuka i religioznawstwo.
Wszystkie druki polskie i cenne zagraniczne stanowią Narodowy Zasób Biblioteczny, są więc pod szczególną ochroną. Charakter zbiorów i pełnione funkcje zobowiązują Bibliotekę do szczególnej troski i ochrony zbiorów, co wpływa na zakres i sposób ich udostępniania.
W Bibliotece Jagiellońskiej jest zorganizowany za pośrednictwem internetu dostęp do elektronicznych wersji czasopism naukowych oraz elektronicznych baz danych.
